Todo son ejemplos y pueden no ser siempre correctos pero los casos que apuntas están así por ciertos motivos. Por ejemplo, el profesor en el horario permite crear horarios de un curso impartido por varios profesores, … Otro dia analizo más tus ejemplos y seguimos charlando del tema.

Saludos

1.- Tus tablas Grupo y Horario tienen una idProfesor, que no deberia existir puesto que ya la estas incluyendo en la tabla clase.
2.- Unes la matricula y el alumno con una relacion, una matricula deberia ser propia de tabla alumno.

Estoy haciendo un proyecto de cursos de ingles similar, te dejo mis tablas.

-Curso(idCurso int pk, mes_inicio, mes_termina, año).
-Alumno(idAlumno int pk, matricula varchar unique, pk, nombre_alu, etc…) attn: la matricula no tiene por que ser la misma id y mejoro los tiempos al incluirla en la misma tabla.
-Maestro(idMaestro int pk, nombre_mtro, etc…)
-Nivel(idNivel int pk, nivel, etc…)
-Turno(idTurno int pk, turno varchar) [1-Matutino, 2-Vespertino]
-Salon(idSalon, salon varchar)[1, 1A]
-Asignatura(idAsignatura int pk, idCurso fk, idMaestro fk, idMateria fk, idTurno fk, idSalon fk).
-Horario(idHorario int pk, idAsignatura fk, dia, hora_inicio, hora_termina) se podrian agregar con “checkBoxes” y “while”.

-Estado(idEstado, estado)[1-Cursando, 2-Aprobado, 3-Reprobado].
-Asignatura_Alumno(idAsigAlu int pk, idAsignatura fk, idAlumno fk, idEstado) es curioso yo nunca use una tabla “grupo” puesto que los grupos se arma solos y puedes localizarlos con [ where idCurso=”tal” & idAsignatura=”tal” .

-Calificaciones(idCalif int pk, idAsigAlu fk, calif1 real, calif2 real, calif3 real, prom_final real).

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Para cambios usaria tablas separadas y triggers (disparadores) para la base de datos haga el trabajo y no tenga por que realizar programacion adicional en mi sistema (la mayoria de SGBD manejan triggers) p ej.:

when update tabla asignatura_alumno where idAsignatura set idAsignatura=”La nueva idAsignatura”;
insert into cambios_alumno(idCambioAlumno int pk, idCurso fk, clase_antigua, clase_nueva) values (1, 123, “1A – Intermedio”, “2A-Intermedio”)

Bueno eso haria yo, espero sirvan mis ejemplos

gracias